המקור הראשון בספרות חז"ל בו מוזכר הישוב פקיעין, הוא בתוספתא למסכת סוטה פרק ז' שם כתוב 'מעשה ברבי יוחנן בן ברוקה ורבי לעזר חסמא שבאו מיבנה ללוד והקבילו פני רבי יהושע בפקיעין, אמר להם רבי יהושע מה חידוש היה בבית המדרש היום, אמרו לו תלמידיך אנו ומימיך אנו שותין'. תוספתא זו מובאת גם בתלמוד בבלי במסכת חגיגה, במקום נוסף בתלמוד בבלי – במסכת סנהדרין מוזכרת פקיעין כמקומו של רבי יהושע שם נכתב 'אחר רבי יהושע לפקיעין'.

במדרש קהלת ובעוד מקומות בחז"ל מובא מעשה שהיה בתנא רבי שמעון בר יוחאי שנמלט מידי הרומאים והתחבא במערה יחד עם בנו רבי אלעזר במשך י"ג שנה, בזמן ששהו במערה נעשה לרבי שמעון ובנו נס ועל פתחה של המערה צמח עץ חרובים למאכלם והחל לנבוע מעיין ובו מים לשתיה, מיקומה של המערה בה התחבאו רבי שמעון ובנו נקרא בפי חז"ל פקע או בקע, המסורת מזהה מקום זה בכפר פקיעין, בכפר קיים פתח למערה שקרסה וכן עץ חרובים ומעיין הסמוכים למערה, את המערה הזו מייחסים כמקום שבו הסתתר רבי שמעון בר יוחאי ובנו ורבים פוקדים את המקום לתפילה.

מראשית ימי הביניים ועד למאה הי"א לספירת הנוצרים הייתה אוכלוסיית פקיעין מורכבת כולה מיהודים, במאה הי"א החלו מסעי הצלב שיחד איתם הגיעו לארץ ישראל נוצרים רבים אשר התיישבו בארץ ישראל וגם בפקיעין, יחד עם הנוצרים החלו מתיישבים במקום גם מוסלמים.

בשנת ה'רפ"ב כאשר שלטה בארץ ישראל האימפריה העותומאנית עבר בפקיעין הנוסע משה באסולה והוא מספר בספרו על חקלאים יהודים המתגוררים בפקיעין ומעבדים את אדמת הגליל, תחת ידם של הטורקים היה מצבם של היהודים קשה, על החקלאים היהודים הוטלו מיסים כבדים ומי שאיחר לשלמם הושלך לבור הכלא, כדי להיפטר מהמיסים העבירו חקלאים יהודים רבים את רישום הבעלות על שדותיהם לשכניהם המוסלמים עימם חיו בשלום או מכרו את אדמותיהם, לפי הרישום של משלמי המיסים מאותה תקופה חיו אז בפקיעין כארבעים משפחות יהודיות.

לאורך כל השנים הייתה הקהילה היהודית בפקיעין מבני העדה הספרדית, בסוף שנת ה'תקל"ז הגיעו לארץ ישראל תלמידי הבעל שם טוב יחד עם רבם רבי מנחם מנדל מוויטבסק, קבוצת חסידים זו התיישבה לראשונה בצפת, אולם לאחר שהחלו התנכלויות מצד יהודי המקום לחסידים עזבו רוב חברי הקבוצה את צפת ועברו חלקם לעיר טבריה וחלקם התיישבו בפקיעין, כעבור מעט יותר מחמישים שנה הגיעה עוד קבוצה של יהודים אשכנזים לגור בפקיעין אולם זמן קצר לאחר מכן התרחשה בגליל רעידת אדמה ופקיעין ניזוקה בה קשה, האשכנזים לא עמדו בקשיי המקום ורובם עזבו את פקיעין.

בשנת ה'תרל"ג החלו בונים בפקיעין בית כנסת במימונו של הגביר רפאל לוי מביירות שבלבנון, תרומתו של רפאל לוי מונצחת בלוח אבן הקבוע בכותל בית הכנסת, לפי המסורת שנשתמרה בפקיעין בית הכנסת נבנה במקום בו היה עומד בית מדרשו של התנא רבי יהושע, בתקופת המנדט התגלו בחפירות בבית הכנסת שני לוחות אבן המתוארכות לתקופת בית שני, באחד מהלוחות ישנו תבליט של מנורה ולצדה שופר מחתה ולולב ובמשנהו תבליט של שער מפואר שיש שטוענים כי הוא ציור של ארון קודש, לוחות אלו נשמרות עד היום בבית הכנסת שבפקיעין.

בראשית תקופת המנדט הבריטי חיו בפקיעין שלוש עשרה משפחות יהודיות ביניהן היו משפחות תומא וזינאתי שהינן לפי המקובל מיושבי פקיעין עוד מימי בית המקדש השני, בת למשפחת זינאתי דרה כיום בפקיעין והיא אחראית על בית הכנסת, אישה זו היא היהודייה היחידה בפקיעין מאז המהומות שהיו במקום בשנת תשס"ח.

בתקופת פרעות תרפ"ט הגיעו פורעים ערבים לגליל ורצו לשחוט את יהודי פקיעין, מוכתר הכפר עבדאללה חייר נחלץ לעזרתם של היהודים והיה מסתובב בעצמו בלילות ברחובות הכפר כאשר רובה בידו והוא נכון לעצור את הכנופיות במידה ויכנסו לכפר, כעבור שבע שנים בשנת ה'תרצ"ו החל המרד הערבי הגדול שנמשך שלש שנים, עם פרוץ המרד חשו יהודי פקיעין כי סכנה מרחפת על ראשם, תוך זמן קצר עזבו היהודים את המקום כשהם שבים מדי פעם על מנת לעבד את שדותיהם.

לאחר שהסתיים המרד רצו משפחות היהודים לשוב לפקיעין אולם בתיהם היו הרוסים ולא היה להם כסף לשפצם, לאחר משא ומתן שהתקיים מול הוועד הלאומי שבו לפקיעין חמש משפחות יהודיות בלבד, משפחות אלו התגוררו בפקיעין עד לשנת תש"ח ערב הקמת מדינת ישראל, אז עזבו המשפחות היהודיות את פקיעין ושבו למקום רק לאחר שנכבש הגליל במלחמת העצמאות.

שבע שנים לאחר קום המדינה נוסד המושב פקיעין החדשה צפונית לכפר פקיעין, בפקיעין החדשה התיישבו משפחות יהודיות שמקורן בפקיעין הישנה עוד מלפני קום המדינה וכן שתי משפחות שדרו בפקיעין הישנה ובחרו לעבור לשכנתה החדשה.

בשנים האחרונות החל הישוב היהודי בפקיעין מתרחב, משפחות יהודיות באו לגור במקום ונוסדה אכסניה יהודית שנקראת בשם 'פקיעין לנצח', לאורך כל אותה התקופה סבלו היהודים הדרים במקום מהתנכלויות והצקות של שכניהם הדרוזים והערבים שלא ראו בעין יפה את האפשרות שפקיעין תהיה יהודית, בתחילת החורף של שנת תשס"ח החלו תושבי פקיעין הערבים והדרוזים במהומות, העילה למהומות הייתה ניסיון בלתי חוקי להקים אנטנה סלולארית בפקיעין, למעשה המהומות כוונו בעיקר כנגד השוטרים שבאו להשליט סדר בכפר וכנגד בתי היהודים בפקיעין, במהלך הפרעות נפצעו שוטרים רבים על ידי הפורעים וכן צוותי הצלה ששהו במקום, לאחר המהומות בתיהם של רוב יהודי פקיעין כולל בנין האכסניה לא היו ראויים לשימוש ומאז המשטרה מונעת את חזרת היהודים למקום בגלל סכנה לחייהם, היהודייה היחידה שנותרה בפקיעין כאמור,  היא בת למשפחת זינאתי שגרה בבית זינאתי השייך למשפחתה מזה דורות.

פתח המערה	צלם

עץ החרוב הנמצא ע"י פתח המערה	צלם

מי המעין בפקיעין	צלם

בתי יהודים בפקיעין הכיתוב עליהם מלפני 110 שנים	צלם

בית הכנסת העתיק בפקיעין	צלם

הנוף הנשקף מפקיעין לבקעת בית הכרם	צלם