רבי יצחק בלאזר נולד בשנת ה'תקצ"ז בעיירת שניפישוק הסמוכה לוילנא. בילדותו ניכרו בו כשרונות גדולים, ובגיל ארבע עשרה הדפיס אביו קונטרס מחידושי תורתו אותם כתב בחריפות רבה על מסכת בבא קמא. למד בחברותא עם רבי נפתלי אמסטרדם, אף הוא מתלמידיו הנאמנים של רבי ישראל סלנטר, אבי תנועת המוסר. [תנועה שיסד רבי ישראל ליפקין מסלנט, עיקר מטרתה - לימוד המוסר, דהיינו - דברים המלהיבים ליראת שמים ולמידות שבין אדם לחברו, תנועה זו התפשטת בישיבות רבות בליטא על ידי קביעת סדרים מיוחדים ללימוד המוסר.]

בשנת תרי"ב, בהיותו בגיל חמש עשרה, התחתן ועבר לגור בקובנא ליד בית מדרשו של רבי ישראל סלנטר. בשנים אלו היה לאחד מבחירי תלמידיו, והיה בין התלמידים בהם טיפל רבי ישראל באופן אישי. את הערכתו הרבה לרבו ניתן למצוא בהקדמתו לספר "אור ישראל" של רבו, שם הוא מביא את דברי הרמב"ם המפורסמים שכמו שיש לגוף בריאות וחולי כך לנפש יש בריאות וחולי, והבריאות של הנפש הם המידות הטובות, והחולי של הנפש הם המידות הרעות, וכמו שחולה הגוף הולך לשאול בעצת הרופא, כך חולי הנפש צריך לשאול בעצת החכם - שהוא רופא הנפש. ועל זה מוסיף רבי יצחק - כמו שבחולי הגוף ידוע ומפורסם מדור דור שהכוחות האנושיים הולכים ורפים עד שנתמעט הבריאות וגוברת החולשה, כך גם בחולי הנפש, בריאותה הולכת וחסרה מדור דור. אלא שבתחלואי הגוף לעומת המחלות המתרבות - כנגדם חכמת הרפואה התרחבה וגדלה פלאות, הרופאים עמלים יומם  וליל למצוא רפואה ומזור, וחפץ ה' עולה בידם - והם מגלים תרופות חדשות אשר לא היו ידועות קודם לכן, אך בחולי הנפש לעומת החולים המתרבים והמחלות המתגברות - דרכי הרפואה ננעלו, אין רופאים ואין רפואות, אין צרי ואין מזור, אין ארוכה ואין תועלת, עד שהקדוש ברוך הוא ריחם על עמו ישראל ושלח להם רועה נאמן להחיות עם רב, למצוא צרי ומזור לתחלואי נפש - והוא הגאון הגדול רבי ישראל סלנטר.

מאחר שביקש להתפרנס מיגיע כפיו למד את מקצוע הצביעה, אך רבו אסר זאת עליו וציווה עליו לכהן ברבנות. בשנת תרכ"ב, בהיותו בן עשרים וחמש, התקבל רבי יצחק לרבנות הקהילה היהודית בסנקט-פטרבורג וכיהן בה כשש עשרה שנה. רבי יצחק בעצם אישיותו הכחיש את הטענה האוילית שבפיות המשכילים דאז לפיה בעלי המוסר לא מוכשרים ללימוד הגמרא ולכן הם נטפלים ללימוד המוסר, שהרי שש עשרה שנים שימש ברבנות העיר פטרבורג, וכן הוציא שו"ת [שאלות ותשובות] הלכתי חשוב [פרי יצחק].

למרות ואולי דוקא בגלל שהיה תלמיד חכם בקנה מידה ומוכשר גדול, השקיע רבות בלימוד המוסר. את גדולתו בתורה מחד גיסא, ואת ענוותנותו מאידך גיסא ניתן למצוא באסיפה שהתקיימה בעירו פטרבורג, באסיפה השתתפו גדולי התורה שבדור. רבי יוסף דב הלוי סולובייצ'יק בעל ה"בית הלוי" רבה של בריסק שאל שם קושיה חריפה בשם בנו רבי חיים, הכל ניסו את כוחם בבקיאות ובפלפול לתרץ קושיה זו, עד שקם רבי יוסף דב ותירץ את הקושיה בשני תירוצים, אחד משלו ואחד בשם בנו רבי חיים. שני התירוצים הפליאו את כל השומעים בחריפותם, רק רבי יצחק ישב לו מהצד ולא נטל חלק בעדת המתפלפלים, ולא פצה את פיו כאילו אין לו מושג מכל המדובר. תמה איפוא רבי יוסף דב - האם זהו אותו אדם שאומרים עליו כי אדם גדול הוא? כששב לביתו, רצה לתהות על קנקנו ועיין בספרו "פרי יצחק". והנה, לתמהונו הרבה מצא בספר גם את הקושיה וגם את שני התירוצים. מעתה התפעל רבי יוסף דב לא רק מגדולתו של רבי יצחק בתורה, אלא גם ובעיקר מגודל ענוותנותו.   

בבואו לפטרבורג מצא עיר ריקה מיהדות ומלאה בהשכלה, התחיל רבי יצחק בביסוס הקהילה וחיי הדת בעיר ופתח במלחמה חזיתית נגד המשכילים. המשכילים לא טמנו ידם בצלחת והשמיצוהו מעל גבי עיתוניהם. אחד מראשי המשכילים נהג להשתלח בו ולכנותו בלעג "רבי יצחק נפחא" [בלאזר פירושו נפח], אך לא ידע אותו משכיל כי כבוד גדול הוא להקראות כך, שכן רבי יצחק נפחא היה אמורא חשוב הנזכר בש"ס פעמים רבות. אך עוגמת נפש רבה נגרמה לו בעירו מכיוון אחר - בעיות בגיטין בעקר בשל מומרים רבים. או אז גמר רבי יצחק אומר בנפשו להתפטר ממשרתו ולעבור לקובנא, שם המשיך את מורשת רבו והחל בהפצת תורת המוסר על ידי שיעורים והדרכות. עם פטירתו של רבי שמחה זיסל זיו - הסבא מקלם, [מייסד שיטת קלם, שיטת חינוך קפדנית, תביעה לסדר ונקיון ומשמעת עצמית חמורה] התמנה רבי יצחק לאביה הרוחני של הישיבה.

בשנת תרס"ד, בהיותו בגיל שישים ושבע, עלה רבי יצחק לארץ ישראל והתיישב בירושלים בה פגש את רעו וידידו משכבר הימים - רבי נפתלי אמסטרדם, ביחד הם הקימו בירושלים לראשונה את מוסד 'בית-המוסר' – מושג שהשתרש במוקדי הישוב היהודי באירופה על ידי בעלי המוסר, אך היה חדש מאוד לנופה ואוירתה של ירושלים.

ביום י"א לחודש מנחם-אב, בהיותו כבן שבעים השיב את נשמתו הטהורה ליוצרה ונקבר בהר הזיתים לימינו של הגאון רבי אליהו דוד רבינוביץ תאומים [האדר"ת].