שנה לאחר צאת בני ישראל ממצרים ציווה אותם הקדוש ברוך הוא לחוג את חג הפסח כהלכתו, בשעת אחה"צ של יום י"ד בניסן נשחט הפסח ונאכל על מצות ומרורים בליל ט"ו בניסן הוא ליל הסדר, קורבן פסח זה היה היחיד שעשו בני ישראל במדבר במשך ארבעים שנה ששהו בו.

בתאריך י"ד בניסן שבו נשחט קורבן פסח היו מספר אנשים בבני ישראל שהיו טמאים לנפש ויום שביעי לטהרתם חל בערב פסח, כיון שבשעת הקרבת הקורבן נחשבו עדיין כטמאים נאסר עליהם להקריב את הפסח, בחז"ל מובאת מחלוקת מה הייתה הסיבה שאנשים אלו היו טמאים, רבי יוסי הגלילי סובר כי אותם אנשים היו אלו שנשאו את ארונו של יוסף הצדיק שעל פי בקשתו העלו בני ישראל את עצמותיו ממצרים וטמנו אותן בשכם, רבי עקיבא חולק וסובר כי אותם טמאים היו הלווים מישאל ואלצפן שטפלו בגופותיהם של נדב ואביהוא בני אהרן הכהן לאחר שמתו בהקריבם אש זרה לפני ה', דעה שלישית היא דעתו של רבי יצחק שסובר שמבחינה כרונולוגית לא יתכן שמדובר בנושאי ארונו של יוסף ולא במישאל ואלצפן כיון שאנשים אלו כבר היה להם שבעה ימים מעת היטמאותם ועד לזמן הקרבת הקורבן ואם כן כבר היו יכולים להיטהר ולהקריב את קורבן הפסח כשאר בני ישראל, מסקנתו של רבי יצחק כי אנשים אלו עסקו בקבורת מת מצווה בסמוך לפסח וכך נטמאו ולא יכלו להקריב את קורבן פסח.

אותם אנשים שלא יכלו להקריב את קורבן פסח באו אל משה רבינו בטענה, מדוע יגרע חלקם מכל עם ישראל ולא יוכלו להקריב את קורבן ה', הם ידעו שאין קורבן יכול להיקרב בטומאה, אולם בקשתם הייתה כי כהנים טהורים יקריבו עבורם את הקורבן והם יאכלו את הקורבן בטהרה לעת ערב כאשר תסור טומאתם.

משה שמע את טענותיהם של אותם אנשים ואמר להם שימתינו עד שישאל את הקדוש ברוך הוא מה דינם.

הקב"ה התגלה אל משה רבינו ואמר לו, כי אותם אנשים שהיו טמאים בפסח ראשון או שהיו בדרך רחוקה ולא יכלו להקריב את הפסח במועדו, יוכלו להקריבו ביום י"ד באייר - חודש אחרי מועד הקרבת הקורבן, יום זה נקרא בפי חז"ל פסח שני, חיוב אכילת הפסח ביום זה הוא כבליל הסדר יחד עם מצה ומרור.

דיניו של פסח שני חלוקים מפסח ראשון בהרבה פרטים, ההבדל הבולט ביותר הוא כי בפסח ראשון אסור להקריב את הקורבן כאשר יש חמץ ורק לאחר שקיימו את מצוות ביעור חמץ אפשר היה להתחיל להקריב את הפסח, בפסח שני לעומת זאת אין חיוב לבער את החמץ מהבית וחמץ ומצה משמשים בערבוביה בזמן הקרבת הקורבן, הבדל נוסף הוא שבפסח ראשון אומרים את ההלל בעת הקרבתו ואילו בפסח שני אין אומרים את ההלל, ועוד הבדל שקורבן פסח ראשון מגיע ביחד עם קורבן חגיגה לצידו ובפסח שני אין מקריבים קורבן חגיגה.

למרות שיום פסח שני אינו יום טוב והוא מותר בעשיית מלאכה בכל זאת נחשב יום זה כיום שמחה, ואף בימינו שבעוונותינו לא זכינו שיבנה בית המקדש נוהגים ביום זה שלא לומר תחנון, יש שנהגו ביום זה לאכול מצות זכר לחיוב אכילת קורבן פסח על מצות ומרורים.

לפני שנים רבות היה יום פסח שני יום העלייה לקבר רבי שמעון בר יוחאי במירון, מנהג זה מוזכר בכמה ספרים קדמונים מלפני מאות שנים, העדות המאוחרת ביותר לקיומו של מנהג זה היא ב'לוח קברות צדיקי ארץ ישראל' שנכתב לפני כשבע מאות שנה על ידי רבי משה באסולה ובו הוא מתאר עליה למירון בה השתתף ביחד עם יותר מאלף איש, בשנים מאוחרות יותר שינו מקובלי צפת את יום העלייה למירון ליום י"ח באייר – ל"ג בעומר כפי שנהוג כיום.