רבי נפתלי צבי הורוביץ מרופשיץ זצ"ל נולד על פי המסורת ביום חג השבועות שנת ה'תק"כ יום פטירתו של מייסד החסידות רבי ישראל בעל שם טוב, על אירוע זה אמר לימים תלמידו של רבי נפתלי – רבי חיים הלברשטם מצאנז 'ובא השמש וזרח השמש' עד שלא שקעה שמשו של הבעש"ט זרחה שמשו של רבי נפתלי מרופשיץ, רבי נפתלי נולד למשפחת 'מתנגדים' מיוחסת שהייתה רחוקה מדרך החסידות, אביו רבי מנחם מנדל היה תלמיד חכם גדול בתפקידו כיהן כרב בלינסק ומשפחתו הייתה מיוחסת לשל"ה הקדוש.

בנעוריו למד רבי נפתלי תורה מפי דודו רבי משולם איגרא מטיסמניץ, כאשר בגר מעט החל מתקרב אל החסידות, בתחילת דרכו בחסידות הגיע רבי נפתלי לחצרו של רבי אלימלך מליז'נסק, לפי המסורת החסידית סרב רבי אלימלך לקבל את רבי נפתלי כתלמידו וזאת משום יחוסו הרם, רק לאחר שרבי נפתלי התחנן על נפשו וטען כי אין הוא אשם בייחוסו הוא התקבל כתלמיד בליז'נסק, יחד עם רבי אלימלך הסתופף רבי נפתלי גם בצילם של שלשת רועי החסידות והם המגיד מקוז'ניץ, החוזה מלובלין ורבי מנחם מנדל מרימנוב.

מסופר שכאשר נפוליון הצרפתי לחם את מלחמותיו באירופה פעל רבות רבי מנחם מנדל מרימנוב שמלחמה זו תיהפך למלחמת גוג ומגוג ולאחריה תבוא הגאולה השלמה, ברם תוכנית זו פגם היה בה שעד בא הגאולה יצטרכו עם ישראל לעבור צער רב וגלות קשה, רבי נפתלי התנגד לרעיון זה ופעל בתפילותיו שנפוליון יכשל, רבי נפתלי הצליח ונפוליון הובס, רבי מנחם מנדל הקפיד על רבי נפתלי שכך עשה לו ואמר כי עליו  - על רבי מנחם מנדל להסתלק מן העולם, רבי נפתלי הצטער על מעשהו וכדי לבטל את גזירתו של רבי מנחם מנדל כינס את גדולי תלמידיו על מנת שיבטלו את מנהיגותו וכך בלא מנהיג לחסידים יבוא המשיח ותבטל הגזירה, לאחר שפרש רבי נפתלי את תוכניתו בפני התלמידים קם חברו של רבי נפתלי – רבי צבי הירש מזידיטשוב ואמר לחסידים 'וכי מה חסר לכם אצלנו?' ובשאלה זו סתם את הגולל על תוכניתו של רבי נפתלי, רבי נפתלי הקפיד על רבי צבי הירש ש'קלקל' את תוכניתו, אך כאשר שמע אותו מתפלל את תפילת 'שמונה עשרה' סרה קפידתו והוא אמר: כי מאז ששמע את תפילתו רבי אלימלך מליז'נסק לא זכה לשמוע תפילה שכזו, והוסיף ואמר על רבי צבי הירש כי 'היהודי הזה הוא כולו לשמים'. רבי יחזקאל שרגא הלברשטם משינווא שסיפר סיפור זה הוסיף ואמר כי רבי צבי הירש מזידיטשוב עשה לרבי נפתלי בדיוק את מה שהוא עשה לרבי מנחם מנדל מרימנוב.

שנים מספר לאחר אירוע זה כאשר נפל רבי צבי הירש למשכב התפללו עליו כל גדולי החסידים שיבריא, לאחר שקם ממשכבו אמר רבי צבי הירש כי תפילות כולם סייעו לבריאותו אך תפילותיהם של שלשה עזרו ביותר והם רבי אברהם יהושע העשיל מאפטא, רבי נפתלי מרופשיץ, ורבי משה טייטלבוים מאוהל, רבי צבי הירש גם בא במיוחד אל רבי נפתלי להודות לו על תפילותיו.

לאחר פטירת רבותיו קבע רבי נפתלי את מושבו ברופשיץ שם כיהן ברבנות ולשם נהרו המוני חסידים מכל קצווי גליציה להסתופף בצילו, בחצרו של רבי נפתלי הונהגו מנהגים מיוחדים והיא הייתה יחודית בניגוניה המופלאים, בסעודות שבת היה רבי נפתלי מזמר את אותם ניגונים מיוחדים לכל זמירה מזמירות השבת כשבכל ניגון טמונים כוונות ויחודים טמירים ונעלמים.

רבי נפתלי היה מפורסם בפיקחותו וחריפותו, דבריו היו תמיד בדרך של חכמה וחידוד ורק הגדולים שבתלמידים הבינו את עמקותם, בהוראתו של רבי נפתלי אחרי פטירתו נחרט על מצבתו כי היה לובש תמיד את לבוש השמחה, לבוש הניגונים, לבוש הריקודים ולבוש הבדיחה.

זמן מה לפני פטירתו החל רבי נפתלי שתמיד היה דבר חידוד על לשונו לשתוק, תלמידיו ומקורביו הצטערו צער רב על שתיקתו במיוחד כאשר רצו לשרתו ולמלא את רצונו ולא ידעו כיצד כי גם בזאת שתק רבי נפתלי, לבסוף נכנס לחדרו בנו רבי אברהם חיים ושאל אותו מדוע הוא שותק למרות שלא ניטל ממנו כח הדיבור, רבי נפתלי פתח את פיו הקדוש וענה לבנו 'בני, מיום שעמדתי על דעתי, לא דברתי שום דבר קטן או גדול בלי יחוד, ועכשיו נחלש מוחי, אמרתי טוב לי לבלום פי מלדבר בלי יחודים'.

רבי נפתלי נתבקש לישיבה של מעלה ביום כ"ו למ"טמונים י"א באייר שנת ה'תקפ"ז בעת ששהה בעיר לנצוט.

רבי נפתלי העמיד תלמידים רבים, המפורסמים שבהם הם רבי חיים הלברשטם מצאנז, רבי צבי אלימלך שפירא מדינוב – ה'בני יששכר' ורבי צבי הירש מרימנוב.

דברי תורתו של רבי נפתלי ראו אור בספרים שכתב 'זרע קודש' ו'אילה שלוחה', דברי תורה נוספים ממנו נלקטו בספרים 'עשר צחצחות', 'אוהל נפתלי ' ו'אמרי שפר'.

את מקומו בהנהגת החצר מילא חתנו רבי אשר ישעיה רובין שחיבר את הספר 'אוהל ישע'.