קול שפוי בבג"ץ: חיילי צה"ל צדקו בכל הפעולות שננקטו בהשתלטות על המשט לעזה, וההרוגים הינם באשמת המפגינים בלבד, כך קובע הבוקר נחרצות (ה') ביהמ"ש העליון. נשיאת ביהמ"ש, השופטת דורית בייניש, דחתה מכל וכל את העתירות משמאל שהוגשו נגד פעילותו של צה"ל, ואשר האשימו את המערכת הבטחונית בגרימת מותם של תשעת הפעילים שנהרגו בפעולה.

בפסק הדין, שנכתב בהרכב המשלוש:  ביניש, מרים נאור והשופט עוזי פוגלמן נכתב, כי "החיילים נאלצו להגיב כדי להגן על חייהם, ולמרבה הצער, הסתיימה הפעולה, שלא כמצופה, בקורבנות בנפש; תשעה אנשים נהרגו ונפצעו חיילים ומשתתפים במשט. הפעולה הסתיימה בכך שהאוניות נעצרו, ונוסעיהן הורדו מהן ונעצרו בישראל".

בהחלטתו הגן בג"ץ באופן מלא על כל ההחלטות המהירות שהתקבלו בזירה, כולל ההחלטה לפתוח באש, והעניק גושפנקא משפטית לגרסתו של צה"ל: "החיילים נתקלו בתגובה אלימה וקשה מצד משתתפי המשט שעל האוניה. החיילים הותקפו בסכינים, באלות ובמוטות ברזל. נעשו פעולות לחטיפת נשקם האישי ופגעו בהם באלימות. אחד החיילים אף הושלך מסיפון האוניה".

בג"ץ דחה גם את העתירות שהוגשו מן הצד הימני של המפה הפוליטית, ואשר דרשו שלא לאפשר את שחרורם בחזרה לארצם של הפעילים שנעצרו בנמל אשדוד. בייניש קבעה, כי למרות שהעצורים עברו על החוק, הנסיבות הטראגיות הצדיקו את שחרורם "ההחלטה על שחרורם של העצורים היא החלטה המצויה במתחם שיקול הדעת של היועץ המשפטי לממשלה. בית משפט זה קבע בשורה ארוכה של פסקי-דין כי היקף ההתערבות בשיקול הדעת של היועץ המשפטי לממשלה בכל הנוגע לחקירה או להעמדה לדין הינו מצומצם למקרים חריגים ויוצאי דופן. עקב אופיו המיוחד של האירוע והנסיבות הכרוכות בו, שיש לו, מלבד ההיבטים הפליליים, גם היבטים מדיניים הנוגעים ליחסי החוץ של המדינה, רשאי היה היועץ המשפטי לממשלה להביא בגדר שיקוליו היבטים אלה".

בייניש לא חסכה את שבט לשונה מן העותרים, והוכיחה אותם על עתירה "בסגנון בוטה ומשתלח". העותרים ייחסו לצה"ל מעשים בלתיחוקיים; "טבח, רצח, פעולה פיראטית, אלימה וברברית" בג"ץ הוכיח אותם על כך. "למרות שהעותרים לא ידעו דבר על המתרחש, ללא היסוס מיהרו להטיל דופי חמור ביותר בפעילות כוחות צה"ל, תוך שימוש בלשון חריפה ובוטה שלא היה לה מקום. על אף האמור, כיוון שהסעד המבוקש היה שחרור עצורים, לא נדחתה העתירה על הסף באותו שלב, אלא נתבקשה תגובת המדינה עד ליום המחרת".

בית המשפט העליון אישר את ההחלטה שלא לאפשר את מעבר הספינות לעזה, והזכיר את העובדה כי ממשלת ישראל הציעה לפעילי המשט להעביר את הסיוע בדרכים המקובלות, הצעה שלא זכתה  להתייחסות כלל. עלפי הדיווחים כרגע, חמאס עדיין מעכב את העברת הסיוע ההומניטרי לנזקקים.